Мы летим с Air India из Гоа в Мумбаи, мумбаи - дели , дели- Германия. Пересадка на Дели у нас всего 50 минут ( такое расписание было сгенерировано)

Обычно да, если вы в составном билете не прошли посадку на первый рейс, то и на последующие вас не пустят Насчет расписания: если у вас одна авиакомпания на все перелеты, то заново чекиниться и получать сдавать багаж не надо, насколько я понимаю - в таких случаях авикомпания сразу вас регает на все участки маршрута и помечает багаж таким образом, чтобы он доехал до конечной точки) Я так из Стамбула в Тай летел на индиго с пересадкой в Дели - регаться или получать багаж не пришлось.

Если они приобретены одной бронью, то да; если разными, а в Вашем случае это скорее всего так, то не аннулируется.