Если возвращаемся с Эстонии с просроченными правами РФ, какие могут быть последствия на таможне Эстонии?

Ваш вопрос не в компетенции т. н. ЕПТА (emta. ee) налогово-таможенного департамента Эстонии. Только если у вас будет недоплаченный долг (скажем, за езду без прав) - соответствующий сотрудник в случае контакта с вами может вас попросить оплатить свои долги государству. Вам скорее важно обратить внимание на департамент полиции и погранохраны (ppa. ee). Удачи, не нарушайте.