Гражданин России, но живу в Словакии уже полгода, у меня виза Д. Невеста в Питере осталась, хотим в мае встретиться в Минске.

Не должны быть проблемы с визой Д и ВНЖ на литовской границе. Имейте только в виду, что на автобусе могут быть задержки до 2-3 часов. Можете рассмотреть возможность въезда с Польши, обратно через Литву. Еще как вариант без пробок - калининградский поезд с билетами Чернышевское-Минск (с посадкой в литовской Кяне).