Если 90 дней истекают 3 марта, запись на икамет на 7 апреля, но надо выехать 17 марта на пару дней, я по новым данным выеду со штрафом и обратно не заеду? Или выеду со штрафом но обратно заеду благодаря записи на икамет?

Выезжаете уплатив штраф. Квитанцию сохраняете или фоткаете (обязательно) Возвращаетесь - в аэропорту идете в immigration office (он до паспортного контроля. В стамбуле это что-то типа ресепшна слева от паспортного контроля). Там говорите что вы за ВНЖ вернулись. Далее они проверяют что штраф за оверстей был уплачен, и дают под роспись бумажку, что вы обязуетесь податься на ВНЖ. Так как вы уже подались, всё ок.