Подскажите, пожалуйста, кто сталкивался: Если по работе возникают расходы, а работодатель их потом компенсирует на карту У налоговой и банка могут возникнуть вопросы?

Предположу что будет засчитываться как доходы с соответствующими налогами. Мне кажется будет очень сложно доказать что вот поступление средств - это зарплата, а вот - это мне просто так скинули долг от того же работодателя. Пусть компенсирует вам налог просто.

Сохраняйте переписку с работодателем по поводу этих возмещений. Поскольку это не доход, то и налогами они не облагаются.