кто заполнял.. аэропорт указываю , который летит из России непосредственно в Италию или мой первый? Если вылет Спб-Москва-Венеция, указываю Спб или всё-таки Москву?

Если у вас единый билет чуть больше логики указать первый аэропорт где багаж сдали, хотя им наверное принципиально откуда влетали в ЕС.

Указываете конечный пункт и внизу + добавите транзит.

Москва.