Если находишься не на территории РФ более 6 месяцев , говорят надо выписываться по прописке и сняться с воинского учёта. Это так? Что будет если не сделаешь?

Звучит как-то странно. У меня родственники уже более 2х лет живут в другой стране , а прописка все так же в СПб.

Нет. Но становишься нерезидентом и налог выше. Если сам сообщишь или налоговая вдруг заинтересуется.