если супруга в данный момент не находится в Турции, то можно ли подать эл. заявку на рандеву на неё? Нет ли каких-то ограничений, что человек должен быть в Турции во время подачи заявки?

Есть такие ограничения.

Вы не сможете подать на нее заявку, если она не в Турции. Как минимум нужно указывать дату въезда в страну, нужны данные страховки на нее (или вы ее сможете купить без жены?).