а какая сумма арендной платы указывается в договоре аренды ( на 6-12 месяцев) в случае предоплаты на 3-6-12 месяцев: реальная или заниженная?

Указывается та, о которой договоритесь. Надо понимать, что прошедший через нотариуса договор уйдет в налоговую. Соответственно, лендлорду придется платить налог. Пункт про отказ в внж можете попробовать прописать в договоре.