Нужен совет. Оформляем визу Д без права на работу. Жить по ней планируем месяцев 6 в году.

Совет получить обычную мульти 90/180 на год или два.

Пограничник на выезде потребует тот паспорт, где стоит печать о въезде.

Так база одна, в ней все въезды/выезды есть. Есть штампики, нет штампиков на итог и подсчет дней имхо влиять не будет.

Не все страны шенгена раньше ставили печать на въезд тем у кого есть tie на руках.

По чистому паспорту выпустят. Если выезжать через поляков (на автобусе в Беларусь), то они при наличии тархеты выездных штампов не ставят. Белорусы по любому свой штамп поставят. При продлении вы можете попытаться обмануть систему и не показать второй паспорт, но так как его всё равно при выезде сканируют и информация в базе наверняка есть, то могут попросить донести.