Известно, что в Беларусь можно въезжать по внутреннему паспорту РФ. Но непонятно, это действует только на въезд в Беларусь из России или можно также въехать по внутреннему паспорту РФ, например, со стороны Литвы?

Беларусь и Россия согласно Договора имеют общую внешнюю границу. Пересечение общей границы только по загранпаспорту. Есть исключения, но к Литве и ЕС они не относятся.

Опция въезда по внутреннему паспорту доступна только при пересечении общей границы, при въезде из вне союзного государства вам необходимо поставить штамп в паспорт, а во внутренний это сделать невозможно.