Кто-нибудь сталкивался с такой ситуацией: у меня уведомление о прибытии ( которое даёт возможность остаться на 90 дней)

Не нужно. Срок в уведомлении никакого значения не имеет и не меняется. Право находится 90 дней вам дает гражданство РФ, от наличия уведомление оно не зависит.

Оно не переделывается, а подаётся ещё одно, на другой срок. В Вашем случае с 26 марта по 1 апреля (кстати не стоило бы дотягивать именно до 90 дня ИМХО). Мы так делали. Итого у миграционки беспрерывная информация где иностранец весь срок пребывания, все счастливы.