при заполнении электронной заявки на визу косякнул с фамилией, но там приложена копия паспорта, могут ли такую заявку отклонить?

В референс будет пропечатана фамилия, указанная в заявке. При подаче документов в консульстве, вероятно откажут в выдаче в визе, в связи с тем что фамилии в паспорте и в референс не соответствуют. Я бы рекомендовал направить запрос на почту.