если я купила квартиру в будве и должна заплатить 3% от стоимости в договоре, то как мне заплатить этот налог? И нужно ли подавать какую-то декларацию?

Вы через риелтора покупали? Обычно они помогают с оплатой этого налога. Ну или самой идти в општину с договором купли-продажи, они расчитают налог, выдадут квитанцию к оплате, которую можно будет оплатить на почте пососедству. Деклараций никаких не надо, это не доход.