Если я, как обладалель израильского и российского паспортов буду въезжать через Белоруссию, должен ли я на границе Союзного государства предъявить Российский паспорт или могу въехать по Израильскому?

Все зависит от того куда вы едите , если в РБ то по даркону при этом вы обязаны выехать по даркону , если хотите лететь потом в Россию от вы должны при вылете из РБ показат даркон а въехать в РФ по паспорту РФ!!! Нельзя въехать в РБ проехать на поезде в РФ и выехать из РФ по даркону это нарушение правил пересечение ТС , паспорт ( даркон) могут заблокировать на несколько лет.

Выезжая из РФ показываете документы РФ (российским пограничникам), всем остальным - израильские. Между РБ и РФ границы как таковой нет, документы могут попросить, а могут и нет, лотерея.