помогите разобраться, пожалуйста. Принят на работу в ТОО, но налоговый резидент РФ.

Это вам повезло что ещё 10 процентов пенсионер не сняли как с граждан РК.)) Конвенция двойного налогообложения так и работает. В РК с вас сдирают согласно нашего налогового кодекса а потом вы ещё формально должны 3 процента доплатить в РФ.)) Если же налоги в РК выше , то в РФ вы ничего не платите. Есть схемы другие конечно.

Есть соглашение о двойном, поэтому пока вы налоговый резидент РФ, то с доходов в РК должны будете подать декларацию и заплатить 3% (13-10), ну или 5, если доходы больше соотв. лимита. А когда перестанете быть налоговым резидентом РФ, то и не надо платить с доходов в РК. Хотя если вы пробудете за пределами РФ полгода уже в этом году, то доплачивать за доходы в РК не надо. Но тогда ваш доход в РФ должен будет облагаться по ставке нерезидента и вам надо будет доплатить.