при покупке билета просит указать сайт отчество латиницей, либо поставить галочку, что в паспорте нет отчества Но в загране отчество только по-русски написано В итоге писать его или нет?

Если напишите отчество, где-то показываете загран, а его нет. Вопрос: почему имя не совпадает. Ставьте галочку, его же нет в паспорте.

Мы не писали отчество, хотя оно есть)

Его не надо писать, в паспорте отчества нет на английском, следовательно его нет по сути)

Обязательно ставьте галочку, что отчества нет, везде, где используете загран Не только при покупке билетов.