может ли муж и жена создать каждый по EE профилю где выберет себя как мейн апликанта? И укажет супруга?

Да, конечно, именно так и делают. У мужа и жены могут быть разные ситуации, и не всегда ясно, кому проще и быстрее в итоге получится пройти.