На визу digital nomad обязательно подаваться в Москве, или можно прямо в Португалии если у меня есть польская PBH виза, к примеру ?

Точно не подскажу, сам из Москвы получил, но название резиденции "Art. 61-B Lei 18/22" Можете гуглить в этом направлении На визу, кстати, подаются за пределами Португалии. Внутри только на резиденцию.

Только из страны гражданства или внж.

С PBH можно в Польше подаваться.