Подскажите, пожалуйста, могут ли два гражданина РФ расписаться в местном отделении РАГС в Казахстане? Будет ли в таком случае свидетельство о браке иметь силу на территории РФ?

Могут или нет - сведения противоречивые, браки заключённые за границей - в РФ признаются, но нужно через МФЦ некое заявление на признание подавать.

Можете заключить брак в местном РАГС, просто потом в РФ вам необходимо будет нотариально подтвердить заключаете брака и все.