Подскажите пожалуйста сейчас подаемся по стартап визе на ВНЖ, как можно вне России оформить ее? Возможно ли в индонезии например подаваться в консульство на нее?

Нет.

@Рома: Тогда подавайтесь хоть откуда, загружайтесь на иапмей. и ждите, срок до года чейчас.,средний 4-9 мес. Как будет декларация на руках идете или в консульство на визу Д2, или в сеф по статье 89.4, приехав по шенгену. Можете хоть сейчас приехать по щенгену и ждать тут.

@Oлег: Ну в этом и проблема, что нужно в консульство в России же идти по закону. Как гражданин этой страны. А есть возможность в другой стране в консульство пойти? Шенген закончился недавно.

@Рома: С ВНЖ или другим законным длительным основанием.