Подскажите пожалуйста, на машине из РФ на российских номерах пускают в Эстонию (транзит в Италию)? Есть мультивиза Д и даркон.

Да, впустят, но обычно эстонцы хотят убедиться что не останетесь в Эстонии, а следуете в Италию. Более убедительный довод - наличие билетов в Италию, но вы вроде как на авто собрались ехать? Ну тогда хотя бы маршрутный лист сделайте и имейте финансовые ресурсы не ниже нормы. И ещё очень поможет подтверждение того адреса в Италии - где жить будете.