Подскажите, могут ли возникнуть проблемы при полете из Стамбула в Ереван и обратно, если пересадка будет в Афинах, а меня есть ВНЖ Турции и загран паспорт гражданина РФ?

Могут посадить, могут не посадить.

Не могу сказать точно за афины, но могу сказать что почти каждый день летают прямые рейсы стамбул-анталья-ереван (из самолёта выходить не придётся), примерно такие же по цене.

В транзитной-виза не нужна.

Есть и прямые рейсы из стамбула в ереван, например пегасусами или флай армения, но их достаточно мало в неделю и зачастую с прилетом/отлетом глубокой ночью.