Скажите, Пермата берёт процент за хранение долларов на своём счету?

Нет.

Навряд ли, у них и курс обмена (с долларового счёта на руп. счёт) был хороший раньше (относительно других способов обмена) - как сейчас не скажу (просто не знаю).