Такая ситуация, подал документы на ВНЖ в Кустанае, и уехал в командировку в Алматы, ориентировочно на две недели, миграционный инспектор говорит приехать дать согласие на подтверждение справки о доходах в банке, насколько это правомерно?

Правомерно, слышал о подобных запросах именно в Костанайской области, кстати. Суть, как я полагаю, в том, что ваши данные являются банковской тайной, на разглашение которой в адрес МВД РК нужно дать согласие.

Вам обязательно это нужно сделать. Поэтому и не рекомендуется во время рассмотрения ВНЖ выезжать.