Возможно ли оформить украинцу визу в Японию, находясь в Индонезии? Знаю, что в ЕС можно, т. к. консульство в Украине закрыто, но вот можно ли из какой-то страны в Азии?

Хороший вопрос. Я думаю, да, однако, опять же, может упереться в ваш статус пребывания в Индонезии. Точно так же, стоит, думаю, позвонить в посольство просто, сразу сказав, что вы из Украины, прояснив ситуацию.