Подскажите пожалуйста, Если купить билеты в страну шенгена и пройти регистрацию онлайн, не подходя к стойке регистрации, то на каком этапе высадят? И высадят ли вообще?

В Сабихе при вылете в ЕС около гейта дополнительно проверяли есть ли виза - когда посадка еще не началась, но люди уже столпились около гейта.

Стойку регистрация вы можете обойти, но вас не пропустят пограничники на этапе прохождения погранконтроля. Если будете хитрить и купите "параллельный" билет в безвизовую страну (например, сев. Кипр в случае вылета из Турции), то сотрудники авиакомпании при посадке. Насколько я понимаю, у них в системе ставится отметка о проверке оснований для вылета в страну назначения.

Не допустят на посадку в самолёт. Там проверяют визы.