Подскажите, пожалуйста. Если мы на первый год сделаем цифровое кочевничество в Аргентину будет ли это идти в счет срока двух лет для паспорта?

Даже пребывание в режиме туриста идёт в счёт срока. Единственное, помните, что на момент подачи заявления на гражданство Вы должны иметь действующий ВНЖ. Т. е., после номада нужно будет озаботиться получением резиденции.

Не идет, поскольку тип этой визы емнип "транзитный".