Скажите, пожалуйста, можно ли въехать на территорию Кыргызстана из РФ ребенку по свидетельству о рождении?

Можно.

Если в свидетельстве написано, что он гражданин рф и там же написано, что оба родителя граждане рф.

Можно с родителем. Только убедитесь что на свидетельстве есть штамп принятии в гражданство. Красный. В МВД ставят.