Какие могут быть последствия, если, два дня из двух недель мы были без регистрации? И это выяснится на границе?

Вероятность очень мала. Вопрос в другом - это ваша и арендодателя обязанность, а не право. Мучать не будут, но штраф могут выписать, в самом худшем варианте, при первом нарушении.