Как-то можно избежать двойного VAT при покупке машины и транзите в другую страну? Живу 1,5 года в Берлине, покупаю машину и через 3 недели переезжаю в Португалию.

Мне кажется вам лучше машину поставить на регистрацию в Германии полгода подождать. В Португалии же еще налог на ввоз машины, который тоже придется платить, если машиной владели меньше полугода в другой стране.

Если есть документы подтверждающие оплату НДС в ЕС, то здесь его повторно платить не придётся.