Подскажите пожалуйста могу ли я продать машину с российскими номерами в Эстонии? Если да то как это можно сделать?

На разборку думаю можно продать, но надо будет снять с учёта в России, чтобы налогов не было.

Не можете, потому что ее надо снять с учета в России. На машине с российскими номерами вы можете ездить по Эстонии не больше года. Раз в год нужно ее выгонять на территорию России, страховка, ТО тоже в России. Поэтому проще выехать и продать там. Если не можете сам, найти того, кто это сделает по доверенности.