Подскажите пожалуйста, можно ли провезти канистру моторного масла из Эстонии в Россию?

Нельзя.

Но если на машине поедете, канистра будет открытая и, так скажем, условно неполная, как бы вот, к машине, на доливку.

То могут и пропустить, но без гарантий.

А новую закрытую точно нет.

Хоть на машине, хоть без.