Подскажите, если мне выдали РВП, но у меня скоро заканчивается 90 дней пребывания в Казахстане, могут ли возникнуть проблемы?

Здравствуйте. Если у вас на руках РВП, то спокойно можете находиться в стране до указанного там срока.

Если официально работаете, то можете смело в ЦОН или миграционку сходить и там проверить.