были ли прецеденты отказа в визе канады если человек служил в ФСО или ФСБ?

Были только случаи подачи уволившихся в запас. ФСБ/ФСО не припомню. Но если вы не совершали никаких преступлений и т. п., я бы не особо переживала. Если, конечно, вы уже ушли из органов. Скорее всего, будет дополнительная проверка бэкграунда (секьюрити скрининг).