Я гражданин РФ, нахожусь в Астане. Въехал в Казахстан по российскому внутреннему паспорту и планирую позже поехать в Испанию (

Для выезда из Казахстана в третьи страны (не Россию) необходим загранпаспорт. Не исключено что при прохождении контроля в Казахстане спросят и проверят по своим данным дату въезда. Всё! При транзите и особенно при въезде в Испанию смотрят в 99% только визу. Иногда задают вопросы о цели и планируемых сроках нахождения. Казахские/ российские штампы испанцев не интересуют.

Туркам и испанцам все равно на печати, откуда вы убыли. При влёте в Турцию - у вас будет турецкая печать. При вылете из Турции, турки поставят печать о вылете, а испанцы о влёте. Так что, все норм.

Конечно заграничный и поставят штамп, не волнуйтесь.