Подскажите, пошлину на подачу обращения на икамет нужно до рандеву оплачивать? Или можно будет там где то оплатить?

До, во время, после - как удобнее. Лучше во время или после.

Просто надо понимать, что если онлайн-оплата не работает, то оплачивать придётся в налоговой. Она может быть на приличном удалении от миграционки. Туда-обратно бегать.