Подскажите, нахожусь в Турции, собираюсь подать на ВНЖ, но понимаю, что точно не успею получить до окончания допустимого срока прибывания (сумарно 90 дней за пол года) Чем грозит, что посоветуете?

Считается с момента подачи заявки. То есть главное чтобы подали заявку до окончания срока.

С момента подачи заявки вы легально находитесь в Турции.

С момента подачи, не с момента того как документы на руки взяли. Берите рандеву в свои безвизовые 90 дней.