Что делать при отказе на продление в миграционке во Вьетнаме, потому что при въезде была предъявлена E-Visa, а она якобы не продлевается?

Вы продлеваете не е-визу, а свое пребывание во Вьетнаме. Обращаетесь с прошением разрешить вам находиться далее во Вьетнаме в связи с "особыми обстоятельствами". Это не продление е-визы.