Подскажите, как заполнять миграционную карту М16, если я живу в Тбилиси без ВНЖ/ПМЖ около 3 месяцев

Город/страна проживания. Это не то где вы физичеки. А где официально (гражданство/внж/пмж). Если несколько гражданств/внж/пмж то основым считается то где у вас центр жизненных интересов (это по совокупности, недвиижмочть, источник дохода, более длительный срок проживания по сравнению с другими). По сему, если только гр РФ то только его и указываем везде. А в Грузии вы не резидент, а такой же турист.