Подскажите, пожалуйста такая ситуация: прилетаю в Стамбул из Софии, дальше лечу аэрофлотом.

Если вам на первой регистрации выдадут два посадочных талона, то тогда просто по транзитом пути идёте , не выходя и не получая багаж. А если вы трансферный пассажир, тогда нужна зарегистрироваться заново в промежуточном пункте.