Подскажите пожалуйста. Въехал в Кыргызстан по внутреннему российскому паспорту. Позже буду улетать в шри ланку по заграничному паспорту. На таможне в Кыргызстане проблем никаких не возникнет из-за этого?

Может быть не очень хорошо, штампа и данных о въезде на нем же нет. Лучше показать внутренний паспорт ещё раз.

Нет. Вы законно имеете два паспорта (внутренний и загран). Каким хотите, таким и пользуетесь, на ваше усмотрение.