После того, как россиянин уезжает в РФ из Казахстана, собственник квартиры уведомляет миграцию о том что он уехал, но как?

Уведомление делается на срок от и до. Вот и все. Уехал раньше срока - ну уехал и уехал. Миграционка прекрасно знает, когда вы выехали\заехали в страну не благодаря уведомлениям этим, а благодаря дяденьке в погонах, который на погранконтроле ваш паспорт заносит в базу данных:) Уведомление - это просто чтобы миграционка знала, где вы остановились в стране.

Можно выслать уведомление новое , которое закончится завтрашним числом, как вариант.