Еду в Бишкек, подскажите пожалуйста, за Яндекс такси рассчитываться только в сомах можно? И есть ли обменник на жд вокзале?

Можете и за наличные рубли договорится с таксистом. Обменников везде полно, смотрите курс на valuta kg.

Картой, привязанной к приложению. Но она не должна быть российской, потому что расчеты за киргизский Яндекс Такси идут через голландский Яндекс.