если я въехал, и в течение 3х рабочих дней не проинформировал миграционный отдел о том, что хочу задержаться тут на 90 суток- то все, теперь только 1 месяц могу находится?

Это не то. Принимающая сторона (не вы, но вам это нужно так же) должна уведомить о проживании мигранта в течение трёх рабочих дней по прибытию на место жительства, а не с момента пересечения границы. Далее без регистрации вы можете находится 30 дней, если хотите 90 то нужно идти в миграционную службу ииии вот тут вас и спросят, где уведомление от принимающей стороны))