Если заехал в Казахстан по паспорту РФ, есть заграник, нужно где-то отмечаться, или сразу в ЦОН за ИИН идти можно?

Дальше ИИНа ничего не сделать, карты не дадут по обычному паспорту.

Если не ошибаюсь, в цоне спрашивают твою регистрацию для иина.

Хозяин хостела, отеля или квартиры, которую вы снимаете, должен вас зарегистрировать в миграционной службе в течение трёх дней и выдать вам электронное свидетельство.

Нет. Просто имейте оба паспорта при себе, когда в гос учреждения будете ходить. Нам увед делали по внутреннему, карты по внешнему и тд.