Если я имею регистрацию 90 дней в Казахстане до конца декабря, но выехал из страны на 2 -3 недели в Россию, разрешение на пребывание в КЗ продлевается на это время?

Уведомление.

@Oleg: Вам нужно будет оформить по возвращении новое с новыми датами. По идее, даже если бы правило 90/180 было четко артикулировано в законе, эти 2-3 недели вне КЗ не шли бы в зачет нахождения на территории страны.