Скажите, из Эстонии выпускают в Россию без проблем?

Если Вы - гражданка РФ, то Эстония выпустит Вас, а РФ - впустит. Только Эстония проверит не нарушили ли Вы условия пребывания в зоне Шенгена, если въехали в неё по шенгенской визе. А если гражданка Украины, например, то лучше иметь биометрический украинский загранпаспорт (так как по внутреннему паспорту потом снова выехать в Эстонию будет проблематично, так как такой повторный въезд в ЕС по статусу беженца с внутренним паспортом будет сложен).