Подскажите пожалуйста как выгоднее всего поступить - купить японские йены в мск за рубли или же обменять доллары на йены в аэропорту Токио?

Доллары.

Следите за курсом. Но, скорее всего, доллары все-таки выгоднее, да и их купить проще. Например, если на 100000 руб купить долларов по курсу 64 руб/доллар, а затем обменять в Японии по 135,6 йен/доллар (актуальные курсы), вы будете иметь 211800 йен. То есть 47,3 рубля за 100 йен. Если сразу купить йены, вы в лучшем случае купите на 100 000 рублей 208000 - это если найдете где их купить по 48 рублей. Большинство банков с огромным спредом продают йену, поэтому, скорее всего, сразу йену закупить удастся лишь по 51-55 рублей. Значит, на каждые 100 000 вы теряете от 3000 до 15000 рублей, если будете связываться с йенами.