Подскажите если въехали в Беларусь по внутреннему паспорту, теперь надо лететь в третью страну уже по заграну , выпустят ?

Вы скорее выехали из Вашей страны по внутреннему паспорту, а ваш въезд в РБ нигде не фиксируется кроме авиакомпании. Конечно выпустят.